La historia de Empalme Olmos comienza en 1890 cuando en la zona comenzaron los trabajos para construir el empalme de la ya existente línea férrea denominada North Eastern Uruguay Railway (Ferrocarril a Minas desde 1889), con una nueva línea hacia el este (Maldonado y Rocha) que se denominaba Uruguay Great Eastern Railway (UGER). Los campos ubicados en la séptima sección judicial del departamento de Canelones, donde se llevaban a cabo estos trabajos fueron donados por Octavio Olmos, es así que en agradecimiento a él, el lugar pasó a denominarse Empalme Olmos.